Выражу своё понимание, т.к. в книжках везде по разному преподносится.
Разница в подходах к работе и в задачах, на решение которых данные виды контроля направлены.
При всей похожести приёмов и методик, применяемых в обоих видах - первая направлена на выявление и наказание виновных, подтвеждение/опровержение совершения нарушений и ошибок в работе персонала. Относится обычно к видам последконтроля. Причём планирование работы осуществляется не по принципу постоянности, а по принципу создание в некотором роде "элемента страха" перед контрольными органами у проверяемых. В данном виде тестируются только отдельные участки системы внутреннего контроля.
Внутренний контроль и аудит - следующая ступенька, следующий вид, более развёрнутый, системный и более затратный по содержанию для организации, включающий в себя, помимо контрольно-ревизионных приёмов, еще и предварительный и текущий контроли. В данном виде контроля помимо выявления нарушений и ошибок предполагается ещё и оптимизация бизнес-процессов, поиск скрытых резервов. Направленность на тестирование в целом всей операционной деятельности организации и всей системы внутреннего контроля на постоянной основе, с распределением большего внимания участков, на которых имеются наиболее существенные риски совершения ошибки или нарушений. Это относится к опреционномц внутреннему контролю и аудиту. В моем понимании: есть и другие подходы в ВА, отличные от того, который я только что описывал.